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燃料电池模拟和燃料电池系统建模主要使用专业的仿真软件，以下是常用的几种软件：
1、MATLAB/Simulink：MATLAB是一款强大的数学计算软件，其Simulink模块专门用于系统建模和仿真，在燃料电池模拟方面，Simulink提供了丰富的库和工具箱，如电源系统工具箱（Power System Toolbox）等，可以方便地建立燃料电池模型并进行仿真分析。
2、OMNE software：这是一款专门用于模拟燃料电池的软件，支持各种类型的燃料电池（如质子交换膜燃料电池、固体氧化物燃料电池等）的建模和仿真，该软件具有强大的后处理功能，可以方便地分析仿真结果。
3、AVL Cruise：这是一款专门用于汽车动力系统和排放模拟的软件，可以用于燃料电池汽车的模拟，该软件具有详细的模型库和丰富的配置选项，可以模拟各种复杂的汽车系统。
4、LabVIEW：这是一种图形编程环境，可以用于开发测试和测量应用程序，在燃料电池研究和开发中，LabVIEW可以用于数据采集、分析和可视化，帮助研究人员更好地理解燃料电池的工作过程和性能特点。
这些软件都有各自的优点和适用场景，可以根据具体的研究需求和模型复杂度选择合适的软件，还有一些其他的专业软件也可用于燃料电池模拟和建模，如ASPEN PLUS等，在选择软件时，需要考虑软件的易用性、模型的准确性、计算效率以及技术支持等因素。